Obwohl ein Kompaktwärmezähler (Wohnungswärmezähler) waagrecht und senkrecht montiert werden kann, ist es durchaus möglich, diesen in falscher Durchflussrichtung zu montieren. Dies führt zu mehr oder weniger großen Abweichungen der Messgenauigkeit eines Wärmezählers.

Alle Hersteller haben hierzu ihre Wärmezähler mit entsprechenden Kennzeichnungen versehen. Meist in Form eines Pfeils auf der Gehäuseoberfläche. Dieser muss immer mit der Flussrichtung des Heizwassers übereinstimmen.

Bei Messkapsel-Wärmezählern gibt es weitere  Besonderheiten zu beachten. Hier wird immer erst ein sogenantes "Einrohranschlussteil" installiert. Dieses Einrohranschlussteil (EAT, EAS) hat ebenfalls immer einen Richtungspfeil auf der Gehäuseoberfläche. Kurz vor Wohnungsbezug wird dann die Wärmezähler-Messkapsel in dieses EAT eingeschraubt.

Messkapsel-Wärmezähler werden in zwei unterschiedlichen Bauarten hergestellt. Während Mehrstrahl-Wärmezähler-Messkapseln (z.B. Ista) nicht falsch herum in das EAS eingeschraubt werden können, kann man Einstrahl-Wärmezähler-Messkapseln (z.B. Allmess) auch falsch herum in das EAT einsetzen und festschrauben. Diese Messgeräte sind zwar häufig durch z.B. einen kleinen Metallstift im Einrohranschlussteil gegen das falsche Einsetzen der Messkapsel gesichert, jedoch lässt sich diese Sicherung auch entfernen, um den Wärmezähler auch in, entgegen der Flussrichtung (falsch) montierte, Einrohranschlussteile einsetzen zu können. Die korrekte Durchflussrichtung von Einstrahl-Wärmezähler-Messkapseln ist auf der Messkapselunterseite nochmals mit einem Pfeil angegeben.